Issu de la race royale de Dardanos et parent de Piram, roi de Troie, dont il épousa la fille Créüse, Énée était le fils d'Anchise et d'Aprhodite. Élevé dans les bois par des Nymphes et le centaure Chiron, Énée ne prit pas part au commencement de la guerre de Troie ; cependant, un jour qu'il gardait ses troupeaux, il fut attaqué par Achille, qui lui ravit une partie de son bétail. Il se réfugia alors à Lyrnessos et, poursuivi par Achille, il dut quitter, sous la protection de Zeus cette ville pour celle de Troie, où il s'engagea dans les rangs des guerriers troyens. Au cours de cette longue guerre, Énée fut un héros courageux, sage et pieux ; il savait payer de sa personne, mais il eut bien souvent recours, dans des situations périlleuses, au secours et à la protection des Dieux, notamment lorsqu'il se mesura avec Achille : Poséidon le voyant en danger de mort, le ravit, dans une nuée, aux yeux de son ennemi. Lors de la destruction de Troie et l'extinction de la race de Priam, Énée, selon une des plus anciennes traditions, se serait retiré sur l'Ida avec son père, son fils et quelques fidèles, et il aurait fondé un nouveau royaume de Troade.
Cependant, selon des traditions plus tardives, qui ont été universalisés par Virgile dans l'Énéide, Énée s'enfuit de Troie, portant son père Anchise, aveugle et paralysé, sur son dos, traînant son fils Ascagne d'une main, tenant dans l'autre les dieux de la cité -- les Pénates --, ainsi que le Palladion. Il réunit quelques compagnons sur l'Ida et s'embarqua pour les Hespérides, l'Occident mal connu. Au cours d'un périple mouvementé, il établit de solides liens d'amitié avec le pilote de son navire, Palinure, avec Achate, dont la fidélité devint proverbiale, et avec bien d'autres Troyens. Il fit escale en Thrace, passa par Délos, puis arriva en Crète. Pendant plus de sept ans, il erra ensuite sur la mer à la recherche d'un rivage, bravant les tempêtes et la colère des divinités, en particulier celle d'Héra. Sur le point de toucher les côtes d'Italie, après avoir fait étape en Sicile, à Drépanon, où mourut le vieil Anchise, les navires d'Énée furent rejetés brusquement par une tempête sur la côte africaine, près de Carthage. La reine Didon, la fondatrice de Carthage, y accueillit le héros et l'aima. Mais les dieux ne souhaitaient pas un mariage entre Didon et Énée ; Zeus ordonna à celui-ci de regagner les rivages de la Sicile, où il reçut l'hospitalité du roi Aceste. Parvenu enfin sur les côtes d'Italie, à Cumes, il descendit aux Enfers, guidé par la sibylle, puis, revenu parmi les vivants, il se dirigea vers le Latium. Là, après avoir conclu une alliance avec Evandre, il combattit et tua Turnus, le chef des Rutules, afin d'obtenir la main de Lavinia, la fille du roi Latinus. C'est sur cette victoire que s'achève le poème de Virginie. Les historiens romains ont raconté la fondation de Lavinium par Énée. Celle d'Albe-la-Longue par Ascagne, et la naissance légendaire d'une petite nation, appelée, comme l'avait prédit le dieu Faunus, à dominer le monde.